Controlling-Applikation umfasst alle relevanten betriebswirtschaftlichen und DV-technischen Instrumente. Durch die Controlling-Konzeption wird die Gesamtheit aller verfügbaren Methoden und Techniken, d.h. Applikationen, für einen bestimmten Controllingbereich zusammengefasst. Beinhaltet z.B. die theoretische Konzeption eines operativen Kosten- und Erfolgs-Controlling alle controllingrelevanten Instrumente und DV-Tools für die Kostenplanung, die Abweichungsanalyse, die Kalkulation und die Erfolgsplanung sowie die Instrumente zur Durchführung von kostenorientierten Spezialanalysen (z.B. Preisgrenzenkennzahlen, Break-Even-Point-Kennzahlen etc.), werden aus diesem Methodenvorrat auf der Systemebene diejenigen Instrumente ausgewählt, die für das konkrete unternehmensbezogene Controllingsystem benötigt werden. Damit wird einerseits deutlich, dass die konkrete Systemausgestaltung im hohen Maße von den Inhalten der Konzeptionsebene abhängt. Instrumente und Verfahren, die auf der Konzeptionsebene nicht berücksichtigt sind, können auch nicht in das Controllingsystem einfließen.
Analog der Ermittlung von Controllingaufgaben wird daher das Controllingsystem in der Unternehmenspraxis primär aus der theoretischen Controlling-Konzeption deduktiv bestimmt. Andererseits können aber methodische Entwicklungen in der Unternehmenspraxis auftauchen (wie z.B. die Prozesskostenrechnung), die aufgrund ihres hohen Anwendungspotenzials ihrerseits in die Controlling-Konzeption einfließen müssen. Ein solchermaßen induktiv ermitteltes Controllingsystem beeinflusst also rückwirkend auch die Konzeptionsebene.
Sind die Interdependenzen der Konzeptions-, System- und Applikationsebene – wie in der Abbildung dargestellt – ermittelt, können die Komponenten der drei Stufen in eine mehrdimensionale Controlling- und Informations-Konzeption eingeordnet werden, wobei eine Konkretisierung der einzelnen Elemente zu erfolgen hat.