F&E-Organisationscontrolling richtet sich auf die Gestaltung und Überprüfung organisatorischer Lösungen in F&E. Die Gestaltungsfragen betreffen zunächst die Grundsatzentscheidung, ob überhaupt eigene F&E betrieben, ob diese Aktivitäten für das Unternehmen zentral, dezentral oder in einer Mischform dieser Alternativen wahrgenommen werden sollen und auf welche Standorte die Aktivitäten ggf. zu verteilen sind. Unter dem Eindruck zunehmender Internationalisierung und den damit verbundenen Kommunikations- und Koordinationsproblemen hat dies zunehmende Bedeutung. Von einiger Bedeutung ist auch, ob die F&E-Bereiche nach wissenschaftlichen Disziplinen, Prozesstypen Produktgruppen oder Stufen des F&E-Prozesses organisiert werden. Die Lösungen variieren zwischen den Branchen, was mit den technologischen Grundlagen einerseits und den Marktbedingungen andererseits zusammenhängt.
Es besteht das generelle Problem, mit jeder Wahl Vor- und Nachteile zugleich zu realisieren: So wird der Orientierung an wissenschaftlichen Disziplinen zwar eine erleichterte Integration von Nachwuchskräften, aber ein Hang zu marktfernen Projekten unterstellt; der Orientierung an Produktgruppen, insb. innerhalb von Sparten, werden Schwierigkeiten bei der Integration eher wissenschaftlich orientierter Mitarbeiter, eine Vernachlässigung längerfristig wirkender Problemstellungen und eine Bevorzugung kurzfristiger Projekte und Kundenservices nachgesagt.
Fallstudienweise ist das auch empirisch belegt. Die Überprüfung betrifft die Zweckmäßigkeit der Aufbau- und der Ablauforganisation, insb. die Beurteilung der „Schnittstellen“ zwischen organisatorischen Einheiten, an denen Projekte weitergegeben werden oder wo Komponenten zusammenzuführen sind. Sie gefährden die Feststellung einer projektbezogenen Gesamtverantwortlichkeit. Die nicht immer von funktionellen Erwägungen, sondern auch von personellen Rücksichten diktierten Stellenzuordnungen bei der Einbindung neuer Funktionen oder beim Wegfall von Aufgaben lassen von Zeit zu Zeit auch Kontrollen der gefundenen Lösungen zweckmäßig erscheinen.
Das Organisationscontrolling kann zwar auf einzelne Indikatoren, wie Projektverzögerungen, Abweichungen vom F&E-Pflichtenheft, Beschwerden, Versetzungswünsche etc. zurückgreifen, verfügt aber kaum über harte prognostische Informationen über die Wirkungen von Organisationsänderungen. Es steht im Zusammenhang mit der projektbezogenen F&E-Projektkontrolle, ob für ein Projekt eine aufgabenentsprechende Aufbauorganisation vorgesehen ist, ein angemessener Einsatz von Mitarbeitern erfolgt oder eine Projektelimination anzuraten ist, wobei in jedem dieser Fälle organisatorische Konsequenzen auftreten.