Die GmbH gehört zu den Kapitalgesellschaften. Mit Sitz im Inland ist sie ein unbeschränkt körperschaftsteuerpflichtiges Unternehmen im Sinne des § 1 KStG. Grundlage für die steuerliche Gewinnermittlung sind die Vorschriften des EStG, hinzu treten die speziellen Vorschriften des KStG.
Die Tätigkeit der GmbH gilt gem. § 2 II GewStG stets und in vollem Umfang als Gewerbebetrieb (Gewerbebetrieb kraft Rechtsform). Die Gesellschaft erzielt daher gem. § 15 I 1 Nr. 1 EStG Einkünfte aus Gewerbebetrieb; sie ist daneben selbständiges Steuersubjekt für Zwecke der Gewerbesteuer und Umsatzsteuer.
Schuldrechtliche Verträge zwischen der GmbH und den Gesellschaftern werden steuerlich anerkannt, die anfallenden Aufwendungen sind bei der GmbH weitgehend als Betriebsausgabe abzugsfähig. Dies ist einer der wesentlichen Vorteile der GmbH. Entsprechende steuerliche Gestaltungsmöglichkeiten sind gerade bei Mittelbetrieben anwendbar.
Auf der Ebene der Gesellschafter unterscheidet das Steuerrecht zwischen Einkünften aus Kapitalvermögen (für ausgeschüttete Dividenden und Zinszahlungen für Darlehen), Einkünften aus Vermietung und Verpachtung (für die Überlassung von Wirtschaftsgütern) sowie Einkünften aus nicht selbständiger Tätigkeit (für Geschäftsführertätigkeiten). Die Vergütungen des Gesellschafters sind also bei den einzelnen Einkunftsarten des EStG zu erfassen.
Die Leistungsvergütungen müssen einem Fremdvergleich standhalten. Unangemessen hohe Vergütungen sind nicht als Betriebsausgabe abzugsfähig, sondern stellen verdeckte Gewinnausschüttungen da. Verluste können bei der GmbH auf Grund des Trennungsprinzips (Kapitalgesellschaften) nicht „ausgeschüttet“ werden.
Ist ein Verlustrücktrag (Verlustabzug) nicht möglich, so kann der Gesellschafter entstandene Verluste nicht mit anderen positiven Einkünften verrechnen (Verlustausgleich). Die GmbH ist die am weitesten verbreitete Kapitalgesellschaft, sie verbindet gesellschaftsrechtliche mit steuerrechtlichen Vorteilen.