Gegenstand der internen (innerbetrieblichen) Logistik sind Materialdurchlauf, Führung von Lagern, Versorgung der Produktionsanlagen mit Materialien, Kommissionierung und Verladung. Im Bereich der innerbetrieblichen Logistik besteht das Problem, dass die Bestände der Zwischenlager aus Kostengründen möglichst niedrig sein sollen.
Die Versorgung der einzelnen Anlagen mit Vormaterialien muss jedoch stets gewährleistet sein, da es sonst zum Stillstand der Produktion und damit zu hohen Ausfallkosten kommen kann. Erhebliche Probleme bestehen außerdem in der Lagerung (Lagerhaltung), Sortierung und Kommissionierung der immer größer werdenden Sortimente.
In früheren Zeiten versuchte man, die Probleme der innerbetrieblichen Logistik durch große Lose, Auslastung starrer Kapazitäten, Vorratsfertigung und hohe Bestände zu bewältigen. Heute geht die Tendenz dahin, mit kleineren Losgrößen, Flexibilität in den Arbeitsprozessen (z. B. kurzfristige Umstellung von Anlagen), flexiblen Kapazitätsanpassungen (z. B. durch Arbeitszeitmodelle) und Auftragsfertigung zu arbeiten. Ein speziell in Japan entwickeltes System der flexiblen, kostenoptimalen innerbetrieblichen Logistik stellt das KANBAN dar. Mit der Optimierung der gesamten Logistikkette beschäftigt sich das Supply Chain Management.