Bei den Kapitalgesellschaften sind die Gesellschaften mit be-schränkter Haftung (GmbH) die Aktiengesellschaften (AG) und die Kommanditgesellschaften auf Aktien (KGaA) zu unterscheiden. Neben dem HGB gelten hier auch die Sondergesetze GmbHG und AktG.
Anders als die Personengesellschaft ist die Kapitalgesellschaft als juristische Person ein selbständiges Steuersubjekt; neben den Gesellschaftern ist auch die Gesellschaft selbst steuerpflichtig. Dies lässt sich durch das Trennungsprinzip erklären: Die Kapitalgesellschaft ist eine rechtlich selbständige Körperschaft, die von der Ebene der Gesellschafter grundsätzlich zu trennen ist. Aus diesem Grund kann die Kapitalgesellschaft mit ihren Gesellschaftern schuldrechtliche Verträge abschließen, beispielsweise Miet- oder Darlehensverträge, die steuerlich anerkannt werden. Die anfallenden Aufwendungen sind dann zumindest teilweise als Betriebsausgaben abzugsfähig.
Die Kapitalgesellschaften selbst sind gern. § 1 KStG unbeschränkt körperschaftsteuerpflichtig, sofern der Sitz oder Ort der Geschäftsleitung im Inland liegt. Die Gesellschafter (natürliche Person) sind dagegen einkommensteuerpflichtig. Die KSt fällt bereits im Zeitpunkt der Feststellung an, die ausgeschütteten Gewinnanteile unterliegen aber erst im Ausschüttungszeitpunkt bei den Gesellschaftern der ESt.
Damit die ausgeschütteten Gewinnanteile nicht doppelt mit Ertragsteuern belastet waren (ESt und KSt), wurde mit der KSt-Reform 1977 das körperschaftsteuerliche Anrechnungsverfahren eingeführt. Dabei wird die KSt bei der Gewinnausschüttung auf die persönliche ESt-Schuld des Gesellschafters angerechnet. Ab dem Jahr 2001/2002 wurde das Anrechnungsverfahren durch das Halbeinkünfteverfahren ersetzt. Damit fällt auf der Ebene der Kapitalgesellschaft unabhängig von Ausschüttung oder Thesaurierung die KSt mit einem proportionalen Steuersatz an.
Ausgangsgröße für die Ermittlung der KSt ist der nach § 5 EStG zu ermittelnde Gewinn (§ 8 I KStG). Dieser ist noch gem. §§ 9 und 10 KStG zu modifizieren. Aus dem körperschaftsteuerlichen Gewinn lässt sich wiederum die Bemessungsgrundlage für die Gewerbesteuer ermitteln (vgl. §§ 6, 7 GewStG), auch hier müssen noch Modifizierungen (Hinzurechnungen und Kürzungen gem. §§ 8, 9 GewStG) vorgenommen werden. Die Kapitalgesellschaft ist stets Gewerbebetrieb im Sinne des GewStG (Gewerbebetrieb kraft Rechtsform).