Die Kontrollmitteilung ist ein Instrument der steuerlichen Außenprüfung. Werden bei der Prüfung eines Steuerpflichtigen Tatsachen festgestellt, die auch für die Besteuerung eines Dritten erheblich sind, so kann dies dem Finanzamt mitgeteilt werden, das für den Dritten sachlich zuständig ist.
Rechtsgrundlage der Kontrollmitteilung ist § 194 III AO. Den Finanzämtern dient sie zur Kontrolle, ob steuerlich relevante Vorgänge bei allen Beteiligten korrespondierend erfasst worden sind. Insbesondere bei ungewöhnlichen Geschäftsvorfällen (Barzahlungen, Verrechnungen, Tausch) werden sie eingesetzt. Im internationalen Steuerrecht können Kontrollmitteilungen nach dem Recht der Steuerabkommen (vgl. Art. 26 OECD Musterabkommen), gem. § 117 AO oder dem EG-Amtshilfegesetz zur Aufklärung internationaler Geschäftstätigkeiten eingesetzt werden.
Zwei rechtlich selbständige Unternehmen unter einheitlicher Leitung (Konzern) werden grundsätzlich unabhängig voneinander individuell besteuert. Aufgrund des Trennungsprinzips werden aus-geschüttete Gewinne bei jeder Konzerngesellschaft steuerlich erfasst. Daraus kann national eine Doppelbelastung resultieren, die mit dem Schachtelprivileg, dem Halbeinkünfteverfahren, der Organschaft, der Gruppenbesteuerung oder einer anderen Form der Berücksichtigung bereits gezahlter Steuern vermieden werden kann.
Aus grenzüberschreitenden Sachverhalten ergeben sich wirtschaftliche; Doppelbesteuerungen, die mit Hilfe von Steuerabkommen, der Zins- und Lizenz-Richtlinie oder aufgrund der Mutter-Tochter-Richtlinie (§ 43b EStG; § 8b KStG) gemildert werden. Aufgrund der Einzelgewinnermittlung hat jede Konzerngesellschaft das steuerliche Ergebnis zu ermitteln und zu versteuern. Unter der Fiktion einer wirtschaftlichen Selbständigkeit werden wirtschaftliche Verbindungen zwischen Konzerngesellschaften negiert; steuerlich würde eine innerkonzernliche Verlustkompensation ausscheiden.
Für den nationalen Bereich wurde mit den Vorschriften zur Organschaft im Körperschaftsteuerrecht (§§ 14-19 KStG), im Gewerbesteuerrecht (§ 2 II GewStG) sowie im Umsatzsteuerrecht (§ 2 II Nr. 2 UStG) bestimmten Unternehmensverbindungen Rechnung getragen. Besondere Bedeutung erlangt die körperschaftsteuerliche Organschaft.