Die Liquidation ist ein Bestandteil der genetischen Besteuerung, sie ist der letzte Besteuerungsabschnitt im „Lebenszyklus“ einer Unternehmung. Das EStG bezeichnet die Liquidation einer Personengesellschaft als Betriebsaufgabe, das KStG verwendet die Begriffe Abwicklung und Auflösung (Liquidation, vgl. § 11 KStG). Die Liquidationsbesteuerung will insbesondere die Steuerbelastung der stillen Reserven sicherstellen.
Der Liquidationsgewinn wird nach den allgemeinen Prinzipien der Gewinnermittlung festgestellt. Der Besteuerungszeitraum soll dabei gem. § 11 I KStG drei Jahre nicht überschreiten. Der Gewinn ergibt sich gem. § 11 II KStG durch Gegenüberstellung von Abwicklungs-Endvermögen und Abwicklungs-Anfangsvermögen (Betriebsvermögen am Schluss des vorangegangenen Wirtschaftsjahres), er unterliegt der körperschaftsteuerlichen Tarifbelastung.
Bei den Anteilseignern unterliegen die Liquidationsanteile als Einkünfte aus Kapitalvermögen der Einkommensteuer (§ 20 I Nr. 2 EStG). Liegt eine wesentliche Beteiligung vor, so wird gem. § 17 IV EStG eine Veräußerung fingiert. Entsprechend unterliegt der Gemeine Wert des Vermögens als Einkünfte aus Gewerbebetrieb der Einkommensteuer. Die Kapitalgesellschaft bleibt bis zum Ende der Liquidation Steueradressat, folglich unterliegt der Liquidationsgewinn der Gewerbesteuer.
Eine Liquidation i. S. d. § 11 KStG liegt gem. § 12 KStG auch bei einer Verlegung der Geschäftsleitung und des Sitzes einer unbeschränkt steuerpflichtigen Körperschaft ins Ausland vor. Dies ist unter europarechtlichen Aspekten umstritten. Die Veräußerung einzelner Wirtschaftsgüter sowie die Überführung in das Privatvermögen der Gesellschafter lösen eine Umsatzsteuerpflicht aus (Umsatzsteuer, Eigenverbrauch), sofern nicht ein Befreiungstatbestand des § 4 UStG gegeben ist. Die genetische Besteuerung gewinnt an des neuen Insolvenzrechts zunehmend an Bedeutung.