Das Lohnsteuer-Abzugsverfahren regelt den Steuerabzug für sämtliche Bezüge der Arbeitnehmer beim Arbeitgeber. Es wurde im Jahr 1920 mit dem Reichseinkommensteuergesetz eingeführt, um die Besteuerungsgrundlagen für den Staat leichter zu ermitteln; die Steuerfälle einfacher zu überwachen sowie eine kostengünstigere und einfachere Erhebung der Steuern für den Staat zu ermöglichen.
Der Arbeitgeber hat zunächst zu prüfen, ob die in seinem Unternehmen Beschäftigten Arbeitnehmer im steuerrechtlichen Sinne sind. Nur dann liegt Arbeitslohn i. S. d. § 19 EStG vor, der zum Lohnsteuereinbehalt verpflichtet. Die persönlichen Besteuerungsmerkmale werden anhand der Lohnsteuerkarte festgestellt. Nach § 38 I EStG unterliegt nur der Arbeitslohn der Lohnsteuer, darunter fallen auch zusätzliche Geldleistungen. Schwierigkeiten bereitet die lohnsteuerliche Beurteilung von Sachzuwendungen. Die Berechnungsgrundlagen der Lohnsteuer ergeben sich aus den §§ 39b-39d EStG und den Lohnsteuertabellen, wobei die Eintragungen auf der Lohnsteuerkarte zu berücksichtigen sind.
Unter bestimmten Voraussetzungen hat der Arbeitgeber einen Lohnsteuer-Jahresausgleich durchzuführen. Zur Dokumentation gegenüber der Finanzverwaltung und dem Arbeitnehmer ist der Arbeitgeber verpflichtet, im Lohnkonto des Arbeitnehmers eine Vielzahl von Daten aufzuzeichnen. Daneben muss der Arbeitgeber Kontrollen im Rahmen der Lohnsteuer-Außenprüfung des Finanzamts dulden.
Im Rahmen der Erhebung der Lohnsteuer werden dem Arbeitgeber aufgrund seiner rechtlichen und technischen Einbindung in das Erhebungsverfahren vom Staat Verpflichtungen für eine Steuer aufgebürdet, die er selbst wirtschaftlich nicht zu tragen hat. Untersuchungen haben ergeben, dass der Kostenanteil für dieses Verfahren 90 % aller administrativen Kosten ausmacht, die im Zusammenhang mit der Erstellung der Lohn- und Gehaltsabrechnung anfallen.