Operatives F&E-Controlling befasst sich mit der Budgetplanung und Budgetkontrolle für F&E, der projektbezogenen Planung und Kontrolle (F&E-Projektkontrolle, F&E-Projektplanungssystem) sowie die Entwicklung von F&E-Dokumentationen. Die Budgetplanung folgt einer Budgetierungsregel. Grundsätzlich ist den zukunftsbezogenen Budgetierungsregeln der Vorzug vor den vergangenheitsbezogenen Regeln zu geben.
In der Realität stößt diese Forderung auf Widerstand, weil allzu große Teile der Budgets durch bestehende Projekte und vorhandenes Personal, mit oft sehr spezialisierten Kenntnissen, festgelegt sind. So erklärt sich die häufige Anwendung kapazitätsorientierter Budgetierungsregeln (Personalaufwand + Gemeinkosten + Inflationszuschlag oder Projektanforderungen / pauschaler Kürzung, ggf. korrigiert um Sonder- oder strategische Projekte). Daneben ist auch die umsatzorientierte Budgetierung oder die Orientierung an den finanziellen Möglichkeiten verbreitet.
In vielen Unternehmen werden mehrere Budgetierungsregeln miteinander kombiniert. Die strategischen Implikationen von Budgetierungsregeln im Zusammenwirken mit weiteren Erfolgseinflüssen sind bisher nur aufgrund von Simulationsrechnungen erfassbar. Die Budgetkontrolle sollte sich nicht allein auf die Abweichungen, ihre Ursachen und ihre Bekämpfung beschränken, was eine entsprechende F&E-Kostenrechnung voraussetzt, sondern sollte auch die Zweckmäßigkeit von Budgetierungsregeln überprüfen.
F&E-Dokumentationen betreffen die Hilfsmittel und die Darstellung der F&E-Aktivitäten. Für beides sind Richtlinien erforderlich.