Die Organisation im betriebswirtschaftlichen Sinn erfasst die Aufbau- und Ablauforganisation einer Unternehmung. Steuerliche Determinanten können die Organisation einer Unternehmung beeinflussen, z. B. Betriebsgröße, Personal- und Kapitalintensität, Branche und Intemationalisierungsgrad.
Im Rahmen der Aufbauorganisation sollten steuerliche Entscheidungen den Entscheidungsträgern der Unternehmung direkt unterstellt sein, z. B. durch eine Steuerabteilung. Die rechtliche Organisationsstruktur wird maßgeblich von der Besteuerung tangiert (Rechtsform und Besteuerung). Eine dezentrale Organisation durch Ausgliederung betrieblicher Funktionen auf mehrere in- und ausländische Stützpunkte kann steuerlich vorteilhaft sein.
Andererseits beeinflusst das Steuerrecht Zentralisierungsbestrebungen (Organschaft). Mit dem UmwG und UmwStG wird die Veränderung der Aufbauorganisation gesellschaftsrechtlich und steuerlich erleichtert. Die Ablauforganisation wird dagegen weniger stark von steuerlichen Einflüssen beeinflusst. Die Besteuerung erfordert allerdings zusätzliche Maßnahmen zur Erfüllung der gesetzlichen Aufzeichnungs- und Buchführungspflichten.
Diese Formalpflichten erhöhen die mittelbare Steuerbelastung (Steuerverwaltungskosten) und bedürfen daher der organisatorischen Gestaltung. Je nach Betriebsgröße werden die steuerlichen Arbeiten im Unternehmen selber oder durch einen externen Berater (Steuerberater) wahrgenommen.