Hierbei wird zwischen der Aufbau- und Ablauforganisation der Planung unterschieden. Während sich die Aufbauorganisation an der Organisationsstruktur des planenden Unternehmens orientiert und die Aufgabenzuordnung zu den am Planungsprozess beteiligten organisatorischen Einheiten regelt, wird in der Ablauforganisation die zeitliche Abfolge des Planungsprozesses festgelegt. Als Planungsvoraussetzung ist vorzusehen, dass jede Organisationseinheit, die im Entscheidungsprozess des Unternehmens mitwirkt, im Rahmen ihrer Aufgabenstellung die Erfüllung der Planungsaufgabe zu bestimmten Zeiten vorsieht und ausführt.
Zu Beginn des Planungsablaufs werden zunächst im Allgemeinen von den Planungsbereichen Prämissen (z.B. Ergebnis-, Marktanteilsziele) erarbeitet und Arbeitshypothesen (z.B. Wechselkurse) festgelegt. Diese gemeinsam erarbeiteten und einheitlichen Leitlinien verbessern die Qualität der Planungsergebnisse und deren Beurteilungsmöglichkeit.
Auf der Basis dieser Prämissen führen die Bereiche ihre Einzelplanungen durch. Dabei wird grundsätzlich zwischen der Planung von oben (top down) und der Planung von unten (bottom up) unterschieden. Im ersten Fall wird die Planung vom Top-Management initiiert und vorgegeben; im zweiten Fall ergibt sich die Planung aus den von den untergeordneten Stellen erarbeiteten Vorstellungen. In der Praxis ist das Gegenstromverfahren häufig anzutreffen. Hierbei findet ein Dialog- bzw. Aushandlungsprozess zwischen den Beteiligten statt, der darauf ausgerichtet ist, die Planungen von oben und von unten in Einklang zu bringen (Planungsabstimmung). Im Rahmen der Hoshin-Planung ist dies besonders stark ausgeprägt.
Die Planungsergebnisse der jeweiligen Einheiten werden in Abstimmungsrunden und ggf. dafür eingerichteten Gremien besprochen. Dabei wird geprüft, ob methodisch richtig vorgegangen wird, Planungsprämissen eingehalten werden und ob die Planungsansätze der jeweiligen Bereiche miteinander vereinbar sind.
Die abgestimmten Bereichsplanungen werden schließlich durch eine mit der Gesamtkoordination betrauten Planungsstelle zusammengeführt und in eine Planungsvorlage für die Unternehmensleitung zur abschließenden Beschlussfassung eingearbeitet.