Es ist zwischen Handels-, Binnen- und Seeschifffahrt zu unterscheiden. Handels- und Seeschiffe, die in einem inländischen Seeschiffsregister eingetragen sind und mit deutscher Flagge fahren, unterliegen der deutschen Steuerpflicht. Der Heimathafen eines Seeschiffes ist gleichzeitig die Betriebsstätte des Unternehmens. Abweichungen zur Lohnsteuerbetriebsstätte sind aber möglich.
Die Besteuerung ist zunächst abhängig von der gewählten Rechtsform. Neben Personengesellschaften und Kapitalgesellschaften ist die Partenreederei im EStG vorgesehen. Es handelt sich um einen Zusammenschluss mehrerer Personen (Mitreeder) zu dem Zweck ein gemeinschaftlich zustehendes Schiff für gemeinsame Rechnung zu verwenden. Schifffahrtsbetriebe ermitteln ihren Gewinn i. d. R. bilanziell (Betriebsvermögensvergleich).
Für Handelsschiffe im internationalen Verkehr ist eine pauschale Gewinnermittlung vorgesehen. Mit der Tonnagebesteuerung soll die internationale Wettbewerbsfähigkeit deutscher Reeder verbessert werden. Der Neuerwerb und die Herstellung von Handels- und Seeschiffen werden (zeitlich begrenzt) durch Sonderabschreibungen begünstigt. Arbeitgeber, die eigene oder gecharterte Handelsschiffe betreiben, dürfen vom Gesamtbetrag der anzumeldenden und abzuführenden Lohnsteuer einen Pauschalbetrag abziehen und einbehalten.
Umsätze der Seeschifffahrt sind von der Umsatzsteuer befreit (§ 4 Nr. 2 UStG). Vom Ausschluss des Vorsteuerabzugs wird allerdings in Sonderfällen abgesehen. Im deutschen Außensteuerrecht werden See- und Binnenschiffe in Übereinstimmung mit dem OECD-MA am Ort der tatsächlichen Geschäftsleitung besteuert (Art. 8 OECD-MA).