Ein besonderes Ermittlungsorgan der Finanzbehörden ist die Steuerfahndung. Es ist ihre Aufgabe, Steuerstraftaten (z. B. Steuerhinterziehung, Steuerstrafrecht) und Steuerordnungswidrigkeiten begründet zu erforschen und die Besteuerungsgrundlagen in diesen Fällen zu ermitteln. Weiterhin soll sie unbekannte Steuerfälle aufdecken (§ 208 AO).
Organisatorisch kann die Steuerfahndung direkt zu einer OFD gehören oder mit der Betriebsprüfung zu einem eigenständigen Finanzamt zusammengelegt sein. Ihre Beamten sind Hilfsbeamte der Staatsanwaltschaft und haben polizeiliche Befugnisse (§ 404 AO). So können sie z.B. vorläufige Festnahmen und Beschlagnahmungen durchführen. Zielsetzung der Steuerfahndung ist neben der direkten Ermittlung von Besteuerungssachverhalten auch die abschreckende Wirkung auf potenzielle Steuerstraftäter. Dadurch soll der Besteuerungsanspruch des Staates sichergestellt werden.