(1) Im deutschen Einkommensteuergesetz gilt bei der Zuordnung der Einnahmen und Ausgaben eine Prioritätsregel; danach haben die Betriebseinkunftsarten Vorrang vor den anderen Erwerbseinkünften.
(2) Bei Steuerabkommen sind ebenfalls Prioritätsregeln zu beachten (Vorrang und „Umkehrung der Subsidiarität“, z. B. beim Betriebsstättenvorbehalt).
(3) Nach dem Maastricht-Vertrag (Art. 2 EUV; Art. 5 EGV) bleibt es den Mitgliedstaaten selbst überlassen, wie sie ihr Steuersystem ausgestalten, wenn keine gravierenden Beeinträchtigungen des Wettbewerbs im Binnenmarkt damit verbunden sind. Wegen der internationalen Bedeutung der Kapitalgesellschaften wird es daher mehr Eingriffe im Körperschaftsteuerrecht als im Einkommensteuerrecht geben. Zu der Ausnahme könnte z. B. die Zinsbesteuerung, die Besteuerung privater Veräußerungsgewinne oder die Vorgehensweise bei der beschränkten Steuerpflicht zählen.
Das Subsidiaritätsprinzip begrenzt daher das Streben nach steuerlicher Vollharmonisierung. Eine stille Harmonisierung wird über den zulässigen Wettbewerb der Steuersysteme erreicht. Die Rechtsprechung des EuGH und Maßnahmen der EU bewirken eine punktuelle Europäisierung des Steuerrechts. Die Komplexität der nationalen Steuersysteme wird daher trotz fortschreitender Europäisierung und Harmonisierung zunehmen.