Supply Chain Controlling beinhaltet die Koordinations- und Steuerungsaufgaben des Controlling innerhalb einer Supply Chain. Unter dieser versteht man die Verbindungskette zwischen den Herstellern und ihren Zulieferern über die Händler als Absatzhelfer sowie die als Absatzhelfer dienenden Logistikunternehmen bis zum Endabnehmer. Entsprechend dem Konzept der Logistik steht dabei die Fluss- oder Prozessorientierung im Vordergrund der Analyse und man versucht, durch die Abstimmung zwischen den Entscheidungen der vielfach selbständigen Unternehmungen der Kette zu Lösungen zu gelangen, die ihnen eine bessere Erreichung ihrer jeweiligen Ziele ermöglichen.
Auf einer obersten Ebene ist festzulegen, welche Unternehmungen in die Supply Chain einzubeziehen sind und welche Nahtstellen zwischen diesen eingerichtet werden. Auf ihr stehen damit interorganisatorische institutionelle Fragen im Vordergrund, welche die Rollen der einzelnen Mitglieder der Kette und deren Beziehungen zueinander betreffen. Hierzu sind vertragliche Gestaltungen zu finden, durch welche die Zusammenarbeit zwischen den rechtlich selbständigen Gliedern der Kette geregelt wird. Die darunter liegende Ebene betrifft die Koordination der logistischen Funktionen der Unternehmungen sowie deren Abstimmung mit den anderen Funktionsbereichen, also vor allem der Forschung und Entwicklung, Beschaffung, Produktion sowie des Marketing.
Die zu einer Kette gehörenden Unternehmen müssen abwägen, inwieweit ihnen die Bindung an eine Supply Chain und die Bereitschaft zur Abstimmung ihrer Entscheidungen ökonomische Vorteile gegenüber einem völlig selbständigen Handeln auf dem Markt bietet. Sowohl durch eine qualitative Analyse der positiven und negativen Wirkungen als auch im Rahmen präziser Modelle lässt sich zeigen, dass eine (häufig über Verträge gesicherte) längerfristige Koordination innerhalb der Kette eine für alle Partner höhere Verwirklichung ihrer ökonomischen Ziele erreichbar macht. Supply Chain Management betrifft typische Koordinationsaufgaben zwischen selbständigen Unternehmungen.
Deshalb kommt dem Controlling als koordinierende Funktion dabei eine besondere Bedeutung zu. Die zentralen Aufgaben eines Supply Chain Controlling liegen deshalb primär in der Erfassung der Schnittstellen sowie der gegenseitigen Beziehungen zwischen den Partnern der Kette, der Entwicklung von Systemen zur Gestaltung dieser Schnittstellen und der laufenden Steuerung der Beziehungen zwischen den Partnern und ihren Bereichen. Dies bedeutet auf der obersten Ebene, dass institutionelle Regelungen der Zusammenarbeit und zur Nutzung der Integrationspotenziale gefunden werden müssen. Diese können in Verträgen liegen, die allen Partnern über eine entsprechende Verteilung der Effizienzgewinne Anreize zur Stärkung der Kette bieten. Ferner kann sie die Angleichung der Organisationen sowie die Einrichtung bestimmter organisatorischer Einheiten des Schnittstellenmanagements betreffen. Typische Controllinginstrumente der Informationsbereitstellung und der Koordination sind für die Verknüpfung der Logistik und der anderen Funktionsbereiche der Partner heranzuziehen.
Diese Controllingaufgaben innerhalb einer Supply Chain finden ihren Niederschlag in der organisatorischen Gestaltung des Controlling der Kette und ihrer Unternehmen. Zweckmäßigerweise wird man nicht nur die Logistik-, sondern auch die Controllingabteilungen der einzelnen Partner eng miteinander verbinden. Darüber hinaus kann man eigenständige Controller-Stellen für die spezifischen Koordinationsaufgaben der Supply Chain einrichten, damit diese ausreichend intensiv bearbeitet und gesteuert werden.