Die Einführung einer Tonnagenbesteuerung für Handelsschiffe im internationalen Verkehr ist eine steuerliche Folgeänderung des Seeschifffahrtsanpassungsgesetzes 1998. Sie soll die deutsche Seeschifffahrt fördern und die internationale Wettbewerbsfähigkeit deutscher Reeder verbessern. Adressaten dieser vereinfachten und pauschalen Gewinnermittlung gem. § 5 a EStG sind Handelsschiffe, die in einem inländischen Seeschiffsregister eingetragen sind und der Beförderung von Personen oder Gütern dienen.
Bemessungsgrundlage ist die vorhandene, aber nicht tatsächlich genutzte Tonnage (Rauminhalt eines Schiffes). Auf die ertragsunabhängige Tonnage wird ein Staffeltarif je 100 Nettotonnen angewandt: 0,92 € bis 1.000 Nettotonnen; 0,69 € bis 10.000 Nettotonnen; 0,46 € bis 25.000 Nettotonnen und 0,23 € ab 25.000 Nettotonnen. Die pauschale Gewinnermittlung kann anstatt eines Betriebsvermögensvergleichs auf unwiderruflichen Antrag vorgenommen werden. Der Reeder ist allerdings zehn Jahre daran gebunden.
Die lange Bindungsfrist kann sich im Einzelfall nachteilig auswirken, weil bei einer geringen Auslastung immer die vorhandene Tonnage besteuert wird. Zur Gewinnermittlung nach § 5a EStG liegt ein aktuelles BMF-Schreiben vor, das die einkommensteuerlichen und gewerbesteuerlichen Regelungen partiell konkretisiert. Mit dem Korb II-Gesetz wurde die Tonnagebesteuerung modifiziert, u. a. muss der Antrag auf Tonnagebesteuerung nun im Jahr der Anschaffung oder Herstellung gestellt werden.