Transportsystemvergleich bezeichnet den Vergleich verschiedener, technisch möglicher Transportsysteme mit dem Ziel, ausgehend von den gegebenen quantitativen und qualitativen Anforderungen an die Logistikleistung die wirtschaftlich günstigste Alternative zu wählen. Für die Beschaffungs- und Distributionslogistik sowie für die zwischenbetriebliche Logistik konzentriert sich die Problemstellung auf die Auswahl der Verkehrssystemarten Straßen-, Schienen-, Rohrleitungs- und Luftverkehr und ihre einzelnen Ausprägungsformen sowie die Frage, ob entsprechende Transportsysteme, soweit möglich, selbst aufzubauen sind (z.B. Werkverkehr) oder stattdessen bzw. ergänzend fremde Transportsysteme bedarfsweise zu nutzen sind (Make-or-Buy in der Logistik).
Im innerbetrieblichen Bereich sind an technischen Alternativen schienengebundene und nicht schienengebundene bzw. stetig und unstetig fördernde Transportsysteme in zahlreichen Ausprägungsformen zu unterscheiden. Mit der Entscheidung für ein bestimmtes Transportsystem ist die entfernungs- wie objektqualitätsbezogene Leistungsfähigkeit sowie der Automatisierungsgrad, d.h. der Anteil manuell und automatisch zu verrichtender Funktionen des Transportsystems, weitgehend festgelegt; die kapazitative Dimensionierung kann im Allgemeinen bei einem gegebenen Transportsystem variiert werden. Das Logistik-Controlling sollte bei einem Wirtschaftlichkeitsvergleich der kosten- und leistungsmäßigen Anpassungsfähigkeit den Transportsystemalternativen besondere Beachtung schenken.
Es empfiehlt sich, Transportsystemvergleiche durch mehrperiodige Logistik-Investitionsrechnungen so zu unterstützen, dass die Anpassungsfähigkeit des Transportsystems an geänderte Rahmenbedingungen durch Sensitivitätsanalysen (Sensitivitätsanalyse und kritische Werte) sichtbar gemacht wird. Weiterhin ist zu beachten, dass sich bei der Implementierung von Transportsystemen meist Schnittstellen mit Lagersystemen ergeben (Lagersystemvergleich).