Den Prüfungsmethoden der Wirtschaftsprüfung stehen die Verprobungsmethoden der steuerlichen Betriebsprüfung gegenüber. Erstere sind auf Bestätigung, Letztere auf mutmaßliche Mängel (vgl. Kontrollmitteilungen) ausgerichtet. Beide Methodenbereiche haben sich relativ eigenständig entwickelt. Wegen der zu Grunde liegenden ähnlichen Materie ist die Vorgehensweise des Priifens vergleichbar: Formell und materiell, retrograd und progressiv, stichprobenartig oder vollständig, direkt oder indirekt, prozess- oder ergebnisorientiert, intern oder extern vergleichend.
Das analytische Instrumentarium kann partiell oder ganzheitlich ausgerichtet sein. Es muss mit der wachsenden Komplexität der Realität Schritt halten. Spezifische Schlüssigkeitsprüfungen sind z. B. Vergleichs- und Überschlagsrechnungen, Kassenfehlbetragsrechnung, Geldverkehrsrechnung, Debitoren- und Mengenverprobung, Vermögenszuwachsrechnung, Einsatz von Kontrollsteuern, Richtsatzverprobung.
Wenig akzeptiert sind Strukturanalysen, wahrscheinlichkeitstheoretisch fundierte Vorgehensweisen oder auf der logarithmischen Normalverteilung beruhende Verprobungen. Große internationale Mischkonzerne können nur unter Einsatz DV-gestützter Verfahren effizient geprüft werden. Zugleich wächst die internationale Kooperation. Auch die steuerberatenden Berufe nutzen die Verprobungsmethoden für die Prophylaxe.